Freek Verheugt werkte ook als hoogleraar Cardiologie bij de Universiteit van Colorado in Denver, USA, de Vrije Universiteit Medisch Centrum (afdelingshoofd/opleider), en het Radboudumc Nijmegen (afdelingshoofd/opleider). Later was hij als unitleider HartLongCentrum verbonden aan het Onze Lieve Vrouwe Gasthuis in Amsterdam.
Hij was voorzitter van Commissie kwaliteit van de Nederlandse Vereniging voor Cardiologie (NVVC) alsmede voorzitter van het Concilium Cardiologicum van NVVC. Tussen 1999 en 2001 was hij voorzitter van het bestuur van NVVC
Hij is (co)auteur van 636 PubMed publicaties, grotendeels over antitrombotische therapie van coronairlijden, acute coronaire syndromen and atriumfibrilleren. Zijn H-index bedraagt 83